Η Ανοσολογία στο Νοσοκομείο Παίδων «Η ΑΓΙΑ ΣΟΦΙΑ», έχει μακρόχρονη ιστορία. Το 1963, στα πλαίσια της Α’ Παιδιατρικής Κλινικής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, ιδρύθηκε από τον αείμνηστο Νικόλαο Ματσανιώτη Ανοσολογικό Τμήμα με εξαίρετους συνεργάτες και στη συνέχεια υπεύθυνη την Αικατερίνη Μανταλενάκη.
Από το 1985 λειτουργεί αυτοτελές Τμήμα Ανοσολογίας-Ιστοσυμβατότητας στα πλαίσια του ΕΣΥ και είναι το μοναδικό Tμήμα Παιδιατρικής Ανοσολογίας-Ιστοσυμβατότητας. Με πρωτοβουλία της τότε Διεθύντριας Μαρίας Κανάριου, το Τμήμα αναγνωρίστηκε ως Ειδικό Κέντρο Πρωτοπαθών Ανοσοανεπαρκειών το 2007 και ως Κέντρο Αναφοράς Πρωτοπαθών Ανοσοανεπαρκειών – Παιδιατρικής Ανοσολογίας το 2008, έχει δε συνεργασία δεκαετιών με αντίστοιχα Διεθνή Κέντρα.
Το έργο του είναι κλινικοεργαστηριακό και στελεχώνεται από Παιδιάτρους, Βιοπαθολόγους, Χημικό, Βιολόγο, Νοσηλεύτριες, Τεχνολόγους και γραμματέα. Από το 2005 ο Τομέας της Ιστοσυμβατότητος έχει διαπίστευση καλής λειτουργίας (Accreditation) από την European Federation of Immunogenetics (EFI) και το 2019 μεγάλο μέρος πρόσθετων ανοσολογικών εργαστηριακών ελέγχων έχει διαπιστευθεί από το Εθνικό Σύστημα Διαπίστευσης (Ε.ΣΥ.Δ.).
Το Τμήμα Ανοσολογίας-Ιστοσυμβατότητας εκπαιδεύει ιατρούς και άλλους επιστήμονες στην Ανοσολογία στα πλαίσια της ειδικότητας της Βιοπαθολογίας, της Αλλεργιολογίας, της Αιματολογίας και της Ρευματολογίας, Παράλληλα δέχεται μετεκπαιδευόμενους Παιδιάτρους και επιστήμονες από άλλα Νοσηλευτικά Ιδρύματα εντός κι εκτός Ελλάδας.